Urodzony 15 czerwca 1890 roku w Ostrówku k. Milejowa, jako syn Ludwika Szczepańskiego i Wiktorii z domu Doroba. Rodzice prowadzili w Ostrówku duże, liczące ponad 20 ha gospodarstwo rolno-hodowlane. Wstąpił do Seminarium Duchownego w Lublinie i w czerwcu 1922 r. przyjął święcenia kapłańskie. Po święceniach był prefektem szkół średnich w Chełmie, gdzie dał się poznać jako gorliwy i dobry nauczyciel. W latach Był proboszczem parafii Kamień k. Chełma (1927-1934), rezydentem w Chełmie (1934-37), by następnie zastąpić chorego proboszcza w Olbięcinie. Od 21 lutego 1937 r. objął probostwo w Chmielu, gdzie spędził okres II wojny światowej. Niósł schronienie i pomoc osobom poszukiwanym, współpracował z miejscową partyzantką. Ze względu na stan zdrowia poprosił Kurię Biskupią o zwolnienie z funkcji proboszcza i urlop zdrowotny.1
W kwietniu 1946 roku został mianowany wikariuszem parafii Niemce, zastępując aresztowanego proboszcza. W maju 1947 r. skierowany został do Brzeźnicy Bychawskiej. Uprowadzony nocą z 22/23 sierpnia 1948 r. W homilii uroczystej sumy odpustowej odprawianej w dniu 3 sierpnia 2008 r. w 60 rocznicę śmierci księdza Jana ks. prof. Walerian Słomka skierował do wiernych słowa o kapłanie: Powierzonych swej pieczy wiernych otaczał miłością i oddaniem, lękał się by przywleczony z Rosji komunizm nie poczynił spustoszenia w polskich duszach. Wierny Chrystusowi do końca w swych wystąpieniach jawnie mówił o zamachu na wiarę katolicką, na polską rodzinę. Został więc uprowadzony, poddany wyrafinowanym torturom i wrzucony do rzeki. Jednak nawet to nie odłączyło męczennika kapłana od miłości Boga. Pozostał w sercach i pamięci rodziny, kapłanów oraz wiernych jako symbol zwycięstwa cywilizacji miłości nad śmiercią.
Ciało Księdza odnalezione zostało dopiero 3 września 1948 r. w Woli Skromowskiej przewiezione do kościoła św. Anny w Lubartowie, a następnie do Brzeźnicy Bychawskiej, gdzie 5 września odbyły się uroczystości żałobne. Zgodnie z wolą matki trumnę z ciałem zamordowanego kapłana przewieziono do parafii w Łańcuchowie i pochowano w grobowcu rodzinnym.
Ksiądz Jan Szczepański nazwany został Lubelskim Popiełuszką czasów bierutowskich. Pragnąc upamiętnić swego kapłana parafianie ufundowali dzwon nazwany Jego imieniem, natomiast w 42. rocznicę zamordowania księdza, z inicjatywy księdza Stanisława Demidowicza, ufundowana została tablica pamiątkowa w kościele parafialnym w Brzeźnicy Bychawskiej. Od 2008 roku organizowane są także rajdy rowerowe - pielgrzymki do miejsca odnalezienia ciała zamordowanego kapłana nad Wieprz w okolicach Woli Skromowskiej. Telewizja Lubelska w 2009 roku przypomniała postać kapłana męczennika realizując program „Oblicza Prawdy” z udziałem rodziny księdza i parafian oraz dokument red. Bogny Bender zrealizowany w 2017 r. i emitowany wielokrotnie w Telewizji Lubelskiej.
W 2018 r. staraniem Rodziny oraz tych, dla których ważne jest upamiętnianie męczeństwa ks. Jana odsłonięta została tablica w nowo odremontowanym kościele parafialnym w Łańcuchowie. W uroczystym odsłonięciu tablicy oraz wspólnej modlitwie przy grobie Księdza uczestniczyła liczna grupa pielgrzymów z Brzeźnicy Bychawskiej wraz z proboszczem ks. Grzegorzem Warchułem.
Natomiast red. Magda Grydniewska zrealizowała program dla Radia Lublin w związku z nadaniem przez Prezydenta RP Krzyża Kawalerskiego zamordowanemu Księdzu oraz wpisaniu Go w poczet kadry oficerskiej.
W wyniku dochodzenia prokuratorskiego, prowadzonego przez Okręgową Komisję Badania Zbrodni przeciw Narodowi Polskiemu (przekształconego następnie w Instytut Pamięci Narodowej), a właściwie dzięki żmudnemu śledztwu przeprowadzonemu przez Marka Nitę z krakowskiego IPN, udało się po 60-latach ustalić przypuszczalnych sprawców zbrodni, nie żyjących już morderców, pochodzących ze wsi Przypisówka. Ważnym krokiem w dążeniu do odnalezienia świadków zdarzeń sprzed 70 lat oraz dotarcia do prawdziwego obrazu tragicznych zdarzeń była publikacja autorstwa Zenobii Kitówny z 2017 r. pt. „Poprzedził Popiełuszkę. Ksiądz Jan Szczepański (1890-1948).
1) Ks. J. Misiurek, Męczennik z Brzeźnicy Ksiądz Jan Szczepański, W duchu i prawdzie – wybrane sylwetki kościoła lubelskiego 1805-2006, s.91-94. Także artykuły w prasie katolickiej autorstwa ks. J. Misiurka a następnie M. Nity przywołujące pamięć o Kapłanie - męczenniku.